De belangrijkste oorzaken van gender- en seksueel geweld in Oeganda zijn armoede, sociale ongelijkheid en een diep patriarchale samenleving, wat zich uit in seksueel geweld, fysiek geweld, emotioneel en psychologisch geweld, schadelijke culturele praktijken en sociaaleconomisch geweld. Schadelijke traditionele praktijken, waaronder vrouwelijke genitale verminking (FGM), het wegsnijden van genitale organen om niet-medische redenen, meestal op jonge leeftijd, komen veel voor. Ook wordt meisjes of vrouwen onderwijs ontzegd, worden meisjes van school verwijderd, wordt meisjes en vrouwen de toegang tot technische, professionele of wetenschappelijke basiskennis ontzegd of belemmerd. Vrouwelijke vluchtelingen, met inbegrip van lesbiennes, homoseksuelen, bi-seksuelen, transgenders en interseksen (LGBTI), zijn niet vrijgesteld van dit geweld. Deze vluchtelingen zijn verspreid over de stedelijke en plattelandsgebieden van Uganda. Risico's in verband met middelen van bestaan, geweld binnen het gezin, risico's in en rond woningen zijn plaatsen waar vluchtelingen het meeste risico lopen.