Los PGPR son los principales colonizadores de las raíces, pertenecen a diferentes géneros y la mayoría de las cepas reportadas son de especies de Pseudomonas, Bacillus y Serratia. Se sabe que las cepas de PGPR sobreviven tanto en la rizosfera como en la filosfera. Se ha demostrado que varias cepas de Pseudomonas activan la ISR en las plantas contra muchas enfermedades fúngicas, bacterianas y virales. En respuesta a esto, los biofungicidas, derivados de microbios o de plantas, surgieron como estrategias alternativas prometedoras. El neem (Azadirachta indica), el ajo (Allium sativum), la cebolla (Allium cepa) y algunas otras plantas inhiben el tizón temprano de la patata y el tomate. Los extractos de hojas de Prosopis juliflora y Cocos nucifera inhibieron la proliferación de esporas de Alternaria Solani por encima del 90%.