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El presente trabajo, evalúa los efectos contaminantes sufridos por el Parque Nacional de Doñana tras el vertido de la mina de Aznalcóllar en 1998. Los daños biológicos del vertido y los avances en la recuperación del entorno se monitorizaron utilizando biomarcadores bioquímicos de contaminación, analizados en la coquina de fango (Scrobicularia plana) como especie bioindicadora de la zona. De forma paralela a todos los análisis bioquímicos ya establecidos, este trabajo presenta el reto de desarrollar nuevas metodologías analíticas que mejoran las actuales. Para alcanzar estos objetivos se realizaron tres líneas de trabajo, (i) Evaluación de las aguas vertidas por el río Guadiamar al río Guadalquivir tras el accidente de Aznalcóllar (ii) Desarrollo de un método más fiable de cuantificación de metalotioneínas como biomarcador de contaminación de metales pesados, (ii) Desarrollo de nuevos biomarcadores de contaminación ambiental mediante aproximaciones proteómicas.