Os PGPR são os principais colonizadores radiculares, pertencem a diferentes géneros e a maioria das estirpes relatadas são de espécies de Pseudomonas, Bacillus e Serratia. As estirpes de PGPR são conhecidas por sobreviverem tanto na rizosfera como na filosfera. Várias estirpes de Pseudomonas demonstraram activar ISR nas plantas contra muitas doenças fúngicas, bacterianas e virais. Em resposta a isto, os biofungicidas, derivados quer de micróbios quer de plantas, surgiram como estratégias alternativas promissoras. Neem (Azadirachta indica), alho (Allium sativum), cebola (Allium cepa) e poucas outras plantas inibem o míldio da batata e do tomate. Extractos de folhas de Prosopis juliflora e Cocos nucifera inibiram a proliferação de esporos de Alternaria. Solani acima dos 90%.
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