Les PGPR sont les principaux colonisateurs de racines, ils appartiennent à différents genres et la plupart des souches rapportées sont des espèces de Pseudomonas, Bacillus et Serratia. Les souches de PGPR sont connues pour survivre à la fois dans la rhizosphère et la phyllosphère. Il a été démontré que plusieurs souches de Pseudomonas activent l'ISR des plantes contre de nombreuses maladies fongiques, bactériennes et virales. En réponse à cela, les biofongicides, dérivés soit de microbes soit de plantes, sont apparus comme des stratégies alternatives prometteuses. Le neem (Azadirachta indica), l'ail (Allium sativum), l'oignon (Allium cepa) et quelques autres plantes inhibent le mildiou de la pomme de terre et de la tomate. Des extraits de feuilles de Prosopis juliflora et de Cocos nucifera ont inhibé la prolifération des spores d'Alternaria. Solani à plus de 90%.
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