Des débris de dentine sont créés pendant l'instrumentation, et leur élimination complète du canal radiculaire reste un défi. Les futures stratégies anti-débris sont susceptibles de combiner les effets chimiques et l'énergie physique. Les solutions d'irrigation endodontique peuvent tuer les bactéries dans la dentine infectée, en fonction du type et de la concentration de l'irrigant, et du temps d'exposition. Cependant, de sérieuses inquiétudes ont été exprimées concernant l'affaiblissement de la résistance de la dentine par l'irrigation. L'interaction irrigation-dentine sera l'un des domaines clés de la recherche future afin d'optimiser les effets souhaités de l'irrigation et de minimiser les effets néfastes, qui pourraient conduire, au pire, à une fracture longitudinale de la dent.
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