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La séquestration de C par le stockage dans le sol contribue à réduire les émissions de GES. A Madagascar, des solutions ont été adoptées telles que les systèmes de culture en semis direct (SD). Trois dispositifs ont été étudiés: deux avec des systèmes en labour conventionnel (LB)et un en systèmes SD sans travail de sol avec application de deux niveaux de fertilisation: sans fertilisation et fumure minérale. Des teneurs en C significativement plus élevées ont été observées sous SD vs LB. Une teneur plus élevée est observée pour les SD avec riz-stylosanthes avec fumure minérale vs riz-manioc. Les stocks de C à masse équivalente varient de 2,76 à 8,82 MgC.ha-1 pour 0-20 cm, et 8,14 à 15,74 MgC.ha-1 pour celle de 0-40 cm, entre SD2 Riz-Sty et le système en défriche. Ce stockage élevé sous SD est en grande partie attribué à l'importante quantité de biomasse restituée. Les systèmes SD ont permis une amélioration de la teneur en macroagrégats stables, 26 à 42 % de plus que le système LB. En outre, la teneur en carbone est liée à celle en éléments fins du sol. Bref, les systèmes SD, en sol argileux sont efficaces pour stocker du C avec un niveau de fertilisation approprié.