Le PGPR sono i principali colonizzatori delle radici, appartengono a diversi generi e la maggior parte dei ceppi riportati appartengono a specie di Pseudomonas, Bacillus e Serratia. I ceppi di PGPR sono noti per sopravvivere sia nella rizosfera che nella fillosfera. Diversi ceppi di Pseudomonas hanno dimostrato di attivare la PVR nelle piante contro molte malattie fungine, batteriche e virali. In risposta a questo, i biofungicidi, derivati da microbi o piante, sono emersi come promettenti strategie alternative. Neem (Azadirachta indica), aglio (Allium sativum), cipolla (Allium cepa) e poche altre piante inibiscono la peronospora precoce nella patata e nel pomodoro. Gli estratti di foglie di Prosopis juliflora e Cocos nucifera hanno inibito la proliferazione delle spore di Alternaria. Solani sopra il 90%.
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