Il mercurio è uno dei metalli pesanti che provoca l'inibizione del trasporto degli elettroni fotosintetici in più siti tra i due fotosistemi; il PS-II è più sensibile del PS-I. A basse concentrazioni, il mercurio provoca alterazioni nelle proprietà spettrali di assorbimento e di fluorescenza e influisce sul trasferimento di energia dal ficobilsoma al centro di reazione. Durante l'incubazione a breve termine altera l'interazione tra il cromoforo e l'apo-protiene della ficocianina. Mentre l'incubazione a lungo termine porta alla degradazione della ¿-subunità della ficocianina.