Die Sequenzausrichtung ist nützlich, um funktionelle, strukturelle und evolutionäre Informationen in biologischen Sequenzen zu entdecken, wobei es wichtig ist, die bestmögliche oder so genannte optimale Ausrichtung zu erhalten, um diese Informationen zu entdecken. Wenn sich zwei Sequenzen aus verschiedenen Organismen ähneln, kann es sein, dass sie eine gemeinsame Vorgängersequenz waren, und die Sequenzen werden als homolog definiert. Sobald die MSA gefunden wurde, kann die Anzahl der Arten von Änderungen in den ausgerichteten Sequenzresten für eine phylogenetische Analyse verwendet werden. In einigen Fällen ist die Position so wichtig für die Funktion, dass Mutationsänderungen nicht beobachtet werden.