El proceso de urbanización que vienen experimentando los grandes centros urbanos ha tenido un impacto drástico en la cantidad y, sobre todo, en la calidad del agua. La cuenca del río Guaraçau, situada en la parte norte del municipio de Guarulhos, incluye zonas rurales y urbanas con diferentes clases de uso del suelo. Para evaluar la calidad ambiental, se realizaron análisis físico-químicos de temperatura, pH, turbidez, conductividad y fósforo total, así como análisis microbiológicos (E. coli) durante un período de 12 meses. Las aguas superficiales del arroyo Guaraçau, en la zona rural, ya están comprometidas, con un empeoramiento de la calidad del agua de aguas arriba a aguas abajo para los parámetros fósforo total y E. coli, lo que indica una contaminación fecal debida a la falta de saneamiento básico en la región. Los lugares característicos de las zonas rurales ya muestran graves signos de degradación, con niveles tróficos que van de oligotróficos a hipereutróficos. Esto refuerza la necesidad de construir una red de recogida y tratamiento de aguas residuales en la depuradora de Bonsucesso, inaugurada en 2011, y de controlar la ocupación en las zonas que producen agua de buena calidad.
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