A indústria farmacêutica baseada na investigação tem enfrentado desafios crescentes nos últimos anos, como resultado do aumento das pressões económicas e regulamentares. O aumento dos custos dos cuidados de saúde, o aumento da pressão dos preços por parte das organizações de cuidados geridos, o controlo internacional dos preços, o aparecimento rápido de produtos genéricos (ou a concorrência dentro de uma classe terapêutica) no mercado, e políticas reguladoras mais rigorosas obrigaram as empresas farmacêuticas baseadas na investigação a refinar e acelerar os seus processos de descoberta-desenvolvimento de medicamentos. O processo de descoberta de medicamentos é basicamente uma ciência orientada para o paciente, onde os investigadores se esforçam por melhorar os medicamentos existentes ou inventar uma entidade química totalmente nova, que deveria ser idealmente mais potente do que qualquer medicamento existente de uma categoria semelhante. O desenvolvimento de novas drogas com potenciais aplicações terapêuticas é um dos processos mais complexos e difíceis. Milhões de capital e horas-homem são dedicados à descoberta de novos agentes terapêuticos. A intervenção de computadores em algumas etapas plausíveis é imperativa para reduzir o custo e o tempo necessários no processo de descoberta de fármacos.