Mechanische instrumentatie alleen zal de bacteriën niet volledig uit het wortelkanaal verwijderen (Baker et al 1975). Met zowel de huidige nikkel titanium instrumentatiesystemen als de traditionele roestvrijstalen handinstrumenten blijft bijna de helft van de wortelkanaalwanden ongeprepareerd. De complexiteit van de wortelkanaalmorfologie vormt een uitdaging voor de endodontische gemeenschap. Deze complexiteit belemmert het vermogen om pulpaholte grondig te desinfecteren. Micro-organismen die zich in de vertakkingen, delta's, onregelmatigheden en dentinale tubuli bevinden, worden soms niet beïnvloed door endodontische desinfectieprocedures. Dit onderstreept het belang van chemomechanische wortelkanaalpreparatie.