Endophytische Pilze leben im Inneren der Pflanze, ohne Schaden anzurichten. Die Beziehung, die die Pflanze mit dem Pilz hat, ist von größter Bedeutung, da der Pilz in der Lage ist, bioaktive Verbindungen zu produzieren, die seinem Wirt Schutz gegen den Angriff von Krankheitserregern und Schadinsekten geben, auch gibt ihnen Toleranz gegenüber Trockenheit, erhöht die Biomasse der Pflanze, neben anderen Vorteilen. Ihm wird auch die Fähigkeit zugeschrieben, Sekundärmetaboliten wie Terpene, Alkaloide und aromatische Verbindungen abzusondern, die als antimikrobielle, antivirale und insektizide Substanzen verwendet werden. In den letzten Jahren wurde zur Schädlingsbekämpfung der Einsatz von Mikroorganismen wie Bakterien, Pilzen und Viren als Funktion der biologischen Schädlingsbekämpfung aufgrund ihrer Effektivität und geringeren Umweltbelastung eingesetzt, wodurch der Einsatz von Chemikalien (Insektiziden) reduziert wird. Bei der Bekämpfung von Schadinsekten werden Endophyten-Pilze eingesetzt, da sie dank der von ihnen abgesonderten Sporen in der Lage sind, das Insekt zu befallen und anschließend dessen Tod zu verursachen.
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