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Gli archei endosimbiotici possono modulare il metabolismo a più livelli producendo la sindrome di adattamento metabolico umano. L'endosimbiosi arcaica porta a una sindrome di adattamento metabolico che consiste in un deficit di piruvato deidrogenasi, disfunzione mitocondriale, porfiria, iperammonemia, iperomocisteinemia, glicosilazione proteica difettosa, impoverimento del colesterolo, iperprolinemia, difetto di trasporto degli aminoacidi neutri, deficit di chetoacidi deidrogenasi a catena ramificata, iperdigossinemia, impoverimento del magnesio e carenza di selenio. Il catabolismo del colesterolo indotto dagli archei porta a una bassa sintesi di vitamina D e lo stress redox indotto dall'endosimbiosi produce ipoascorbemia. Il catabolismo del colesterolo indotto dagli archei produce una diminuzione della sintesi degli ormoni sessuali e un ipogonadismo metabolico. La sindrome di adattamento umano mediata dagli archei endosimbiotici può quindi essere trattata con una dieta chetogenica ad alto contenuto di fibre e trigliceridi a catena media e una terapia a base di megavitamine. Questa sindrome di adattamento umano indotta dall'endosimbiosi arcaica può portare a malattie come la malattia autoimmune, i disturbi neuropsichiatrici, la neurodegenerazione, la sindrome metabolica e l'oncogenesi.