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Les archées endosymbiotiques peuvent moduler le métabolisme à plusieurs niveaux, produisant le syndrome d'adaptation métabolique humain. L'endosymbiose des archées entraîne un syndrome d'adaptation métabolique composé d'un déficit en pyruvate déshydrogénase, d'un dysfonctionnement mitochondrial, d'une porphyrie, d'une hyperammoniémie, d'une hyperhomocystéinémie, d'un défaut de glycosylation des protéines, d'une déplétion en cholestérol, d'une hyperprolinémie, d'un défaut de transport des acides aminés neutres, d'un déficit en cétoacide déshydrogénase à chaîne ramifiée, d'une hyperdigoxinémie, d'une déplétion en magnésium et d'un déficit en sélénium. Le catabolisme du cholestérol induit par les archées entraîne une faible synthèse de la vitamine D et le stress redox induit par l'endosymbiose produit une hypoascorbémie. Le catabolisme du cholestérol induit par les archées entraîne une diminution de la synthèse des hormones sexuelles et un hypogonadisme métabolique. Le syndrome d'adaptation humaine médié par les archées endosymbiotiques peut donc être traité par un régime cétogène riche en fibres et en triglycérides à chaîne moyenne et par une thérapie mégavitaminique. Ce syndrome d'adaptation humaine induit par l'endosymbiose des archées peut conduire à des maladies comme les maladies auto-immunes, les troubles neuropsychiatriques, la neurodégénérescence, le syndrome métabolique et l'oncogenèse.