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Endosymbiontische Archaeen können zu einer Selenverarmung des menschlichen Körpers führen, da sie Selen zur Synthese archaealer methanogener Selenoproteine benötigen. Die Endosymbiose von Archaeen führt zu einem Selenmangelsyndrom. Archaeen-Endosymbiose und Selenmangel können zu Hashimoto-Autoimmun-Thyreoiditis, Autoimmun-Demenz, zerebraler Erkrankung der kleinen Gefäße und Normaldruckhydrozephalus führen. Die Endosymbiose von Archaeen kann zu Autoimmunhepatitis und chronischen Lebererkrankungen sowie zu interstitiellen Lungenerkrankungen führen. Endosymbiontische Archaeen können auch ein dysautonomes Syndrom hervorrufen. Sie können auch eine polyendokrine Dysfunktion auslösen, die aus GAD-Antikörper-positivem Diabetes mellitus, Hashimoto-Thyreoiditis, rezidivierender Hyponatriämie und autoimmuner Adrenalitis besteht. Sie kann auch zu Cholesterinmangel und Sexualhormonmangel führen. Die Endosymbiose von Archaeen führt zu einer Anhäufung von Mucopolysacchariden im Gewebe und dem Syndrom der mukoiden Angiopathie, Pankreatitis (CCP), Schilddrüsenerkrankungen (MNG) und Kardiomyopathie (EMF). Die archaeische Endosymbiose führt zu einem Multisystem-Selenmangelsyndrom.