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Los carcinomas de células escamosas orales pueden desarrollarse en diversas localizaciones anatómicas y tienen un comportamiento biológico variable. Los marcadores tumorales prometen una revolución en el diagnóstico de la enfermedad y el seguimiento terapéutico, siempre que se puedan abordar los principales retos de la genómica, la proteómica y las disciplinas relacionadas. Las normas que deben cumplir las nuevas tecnologías de medición para el laboratorio clínico son muy exigentes. Las mediciones no sólo deben ser precisas, sino que deben tener una implicación médica concreta. Una comprensión más sofisticada de la patogénesis y la identificación de mejores marcadores biológicos podrían proporcionar información útil para predecir el resultado e individualizar el tratamiento.