En la actualidad existe un creciente interés en desarrollar la didáctica de las ciencias y su relación con las metodologías activas, que tratan de alejarse cada vez más de los modelos tradicionales de educación, con el objetivo de orientarse en un modelo centrado en el aprendizaje activo y participativo en las distintas disciplinas. La aplicación de una estrategia de aprendizaje de mayor calidad garantiza la permanencia del conocimiento, pero, además, principalmente constituye un sistema que trasciende la forma de afrontar una situación en particular. En este trabajo, utilizamos Pequeñas Investigaciones como Metodología Activa, para enfrentar los problemas del estudiante para la adquisición y construcción de nuevos conocimientos sobre los conceptos vinculados con Estructuras Cristalinas. Durante este proceso se han tenido en cuenta los componentes conceptuales, metodológicos y actitudinales del aprendizaje y se han analizado las dificultades de los estudiantes al abordar el estudio del tema.