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Ziel des Handbuchs ist es, praktisches Wissen über ligandenbasiertes In-silico-Arzneimitteldesign und Toxizitätsscreening von bekannten Zielmolekülen zu vermitteln. Es erklärt die Erstellung von Pharmakophoren-Bibliotheken für Arzneimittelmoleküle, virtuelles Screening und Docking (Protein-Protein-Interaktionen und Protein-Leitmolekül-Interaktionen). Alle in diesem Zusammenhang verwendeten Softwares sind auf öffentlichen Webservern verfügbar oder können für den akademischen Gebrauch frei heruntergeladen werden. Das Handbuch folgt einem logischen Pfad von den grundlegenden Begriffen, die bei der Beschreibung der Auswahl von Leitmolekülen auf der Grundlage ihrer therapeutischen Eigenschaften und der Identifizierung struktureller Ähnlichkeiten für die chemische Modifikation an bestimmten Gruppen verwendet werden. Hier wird die Nutzung der Datenbanken von NCBI und PUBCHEM für die Auswahl von Liganden und deren physikalisch-chemischen Eigenschaften erläutert. Erstellung einer Bibliothek mit Tausenden von Verbindungen auf der Grundlage ihrer funktionellen Gruppen und Überprüfung ihrer Wirksamkeit mit Hilfe verschiedener Bioinformatik-Tools. Das Handbuch basiert zum Teil auf der "Bibliotheksvorbereitung, dem virtuellen Screening, der Auswahl aktiver Moleküle und dem Andocken an das Zielprotein".