La Peste des Petits Ruminants (PPR) è una malattia altamente letale ed economicamente devastante degli ovini e dei caprini. Il presente studio è stato concepito per avere una visione dell'epidemiologia molecolare della PPR nel paese e per indagare la persistenza e la trasmissione del virus PPR utilizzando strumenti molecolari in condizioni di campo. Nel complesso, la malattia ha colpito tutte e tre le fasce d'età di pecore e capre, ma gli animali più giovani sono stati colpiti più gravemente con un tasso di morbilità del 37,19%. I risultati dell'albero filogenetico indicano che tutti i ceppi di PPRV pakistani sono stati raggruppati nel lignaggio IV, che è il lignaggio più importante e prevalente in Asia. Sulla base della sierologia di 19575 campioni di siero di pecore e capre, il 27,53% dei campioni è risultato positivo agli anticorpi della PPR. L'antigene virale della PPR è stato rilevato nella materia fecale per un mese dopo la vaccinazione. Al contrario, gli animali non vaccinati hanno rilasciato l'antigene virale nel materiale fecale fino a due mesi dopo la risoluzione del focolaio. Tenendo conto di tutti i risultati, è indicativo dello stato endemico della PPR nel paese e il ruolo della persistenza della malattia, dei sistemi di produzione dei piccoli ruminanti e degli spostamenti degli animali sono fattori chiave.