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L'infiltration-percolation est utilisée en traitement tertiaire dans le but de la recharge de la nappe ou de la réutilisation en agriculture. Notre travail avait pour objectif d'étudier les mécanismes hydrauliques et biogéochimiques mis en jeu dans le processus de traitement par le sol afin d'optimiser le monitoring des installations. Une étude hydrodynamique a été réalisée afin de déterminer le nombre optimal de bâchées à apporter par jour afin de maximiser l'aération du système. Nous avons une élimination des MES par filtration superficielle, dégradation de la matière organique, oxydations des composés azotés sous forme de nitrates par les bactéries fixées qui se développent au sein du massif. La biomasse microbienne augmente en fonction du temps d'alimentation et elle est localisée surtout entre 10 et 25 cm de la profondeur du massif, mais commence à disparaître pendant la période de repos. On a obtenu une corrélation positive entre la biomasse mesurée par la méthode de fumigation-extraction et dosage de l'ADN. Et pour illustrer la localisation du biofilm dans les fissures du garnissage utilisé, nous avons utilisé le MEB.