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El trastorno depresivo mayor representa uno de los principales problemas de salud pública a nivel mundial, de modo que para el año 2020 se ha proyectado como la segunda causa de discapacidad, únicamente debajo de la cardiopatía isquémica. La estimulación magnética transcraneal repetitiva (EMTr) ha demostrado tener efecto antidepresivo al aplicarse, principalmente, sobre la corteza prefrontal dorsolateral (CPFDL) izquierda y, en menor medida, sobre la CPFDL derecha. El electroencefalograma cuantitativo (QEEG) permite estudiar la actividad oscilatoria cortical, investigar los correlatos clínicos que subyacen a los trastornos psiquiátricos y valorar el efecto de diversas opciones terapéuticas. Actualmente son escasas las investigaciones en los que se compara el efecto de la EMTr entre ambas lateralidades y más reducidos aquellos en los que se emplea el análisis del QEEG. En este estudio se comparó el efecto clínico y electroencefalográfico de la EMTr al ser aplicada sobre la CPFDL derecha a 1 Hz o izquierda a 5 Hz, en un grupo de pacientes con trastorno depresivo mayor. Nuestros hallazgos clínicos se suman a la evidencia que apoya la EMTr como un tratamiento seguro y efectivo.