Las lagunas son un tipo particular de masa de agua de transición, ya que ocupan un nicho importante entre la tierra y el mar, entre las características de una cuenca hidrográfica y el océano abierto. Tienen su propio conjunto de procesos, además de depender de procesos procedentes de la escorrentía de agua dulce, la tierra, la costa y el mar. Sin embargo, también son lugares de grandes desarrollos urbanos e industriales, de puertos, acuicultura y pesca. Es axiomático que los científicos de las lagunas tengan que situar su trabajo sobre las características naturales dentro del mundo real de la gestión, administración y gobernanza de las zonas. Tendremos que ocuparnos cada vez más de la eutrofización del litoral. El desarrollo humano a lo largo de la costa no reducirá la aportación de nutrientes y materia orgánica, que es la causa de la eutrofización. Tenemos que estudiar estrategias de gestión eficaces aguas abajo de las consecuencias de la eutrofización.
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