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El langostino de aguas profundas Haliporoides triarthrus y la cigala Metanephrops mozambicus son endémicos de la región del Océano Índico Sudoccidental (SWIO) y constituyen la mayor proporción de las capturas de crustáceos de aguas profundas en Mozambique y Sudáfrica. A pesar de su importancia económica para estas pesquerías, se conoce poco sobre su distribución, biología y estructura genética de la población. Se evaluó la variación genética metapoblacional de H. triarthrus y M. mozambicus a partir de 220 especímenes por especie recogidos en tres lugares de Mozambique (Bazaruto A, Boa Paz e Inhaca), dos lugares del oeste de Madagascar (Morombe y Tulear) y un lugar del este de Sudáfrica (Durban). Se amplificaron dos fragmentos de la región mitocondrial utilizando cebadores universales de la subunidad ribosomal 16S (16S) y de la subunidad I de la citocromo oxidasa mitocondrial (COI). De H. triarthrus se amplificaron fragmentos de 569 pares de bases (pb) (16S) y 1300 pb (COI). Se recuperaron un total de 207 secuencias (16S) y 151 secuencias (COI), y se identificaron 69 y 78 haplotipos, respectivamente. Los genes 16S y COI de Metanephrops mozambicus produjeron longitudes de fragmentos similares, y se recuperaron 112 (16S) y 127 haplotipos (COI).