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La estructura genética de la población puede definirse como la distribución temporal de las frecuencias de genes y genotipos de una población. En apoyo del modelo de aislamiento por distancia de las simulaciones de Wright (1943) se muestra que bajo un flujo genético restringido y una neutralidad selectiva, la población en su conjunto desarrolla una distribución desigual de genotipos. En este estudio se tomaron muestras de 3 poblaciones de Picrorhiza kurrooa de hábitats que pueden tener diferentes procesos geológicos históricos. La región estudiada es un territorio montañoso físicamente complejo, por lo que representa un excelente sistema modelo para estudiar el efecto de las cordilleras como barreras al flujo interpoblacional de genes. Una población se ubicó en el gran Himalaya (cordillera de Ladakh) y se encuentra al norte del Himalaya principal; las otras dos poblaciones se recogieron en el Himalaya medio (Sonamarg y Gurez) al sur del terreno del Himalaya. El análisis espacial de la estructura genética de la población realizado por la RAPD proporciona información genética molecular pertinente sobre las pautas de fragmentación y la genética del paisaje que conforman la estructura genética de la población y la variación genética adaptativa en las poblaciones naturales de Picrorhiza kurrooa.