As lagoas são um tipo particular de massa de água de transição, na medida em que ocupam um nicho importante entre a terra e o mar, entre as características de uma bacia hidrográfica e o oceano aberto. Têm o seu próprio conjunto de processos, para além de dependerem de processos provenientes do escoamento de água doce, da terra, da costa e do mar. No entanto, são também locais de grandes desenvolvimentos urbanos e industriais, de portos, de aquacultura e de pesca. É axiomático que os cientistas das zonas lagunares tenham de inserir o seu trabalho sobre as características naturais no mundo real da gestão, administração e governação das zonas. Teremos de lidar cada vez mais com a eutrofização costeira. O desenvolvimento humano ao longo da costa não reduzirá a entrada de nutrientes e de matéria orgânica, que é a causa da eutrofização. Temos de estudar estratégias de gestão eficazes a jusante das consequências da eutrofização.