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Las pruebas serológicas del VIH y el VHC se basan en la detección de anticuerpos presentes en la sangre del donante. Es lo que se conoce como ventana inmunológica, un periodo en el que, aún estando infectado, la serología del individuo es negativa. El objetivo fue realizar un estudio comparativo con un análisis crítico de las metodologías de cribado para la prueba del VIH y del VHC en donantes del Centro de Hematología y Hemoterapia del Estado de Piauí - HEMOPI. La comparación entre las metodologías mostró que aunque la concordancia entre las pruebas de VIH fue de 99,7% y la de las pruebas de VHC fue de 99,8%, las dos metodologías son complementarias, ya que los coeficientes Kappa fueron de 0,25 (regular) y 0,50 (moderado) respectivamente. De esta forma, se puede inferir que, como aún no existen pruebas serológicas en el mercado mundial con sensibilidad y especificidad del 100%, una alternativa propuesta para garantizar la seguridad transfusional es la asociación entre metodologías complementarias, como actualmente sugiere el Ministerio de Salud, a través de la Vigilancia Sanitaria.