Como todos los ciliados, P. tetraurelia reordena su genoma en cada generación sexual durante el desarrollo de su macronúcleo somático a partir del micronúcleo germinal. Los reordenamientos incluyen la escisión precisa de secuencias cortas derivadas de transposones llamadas IES (Secuencias Internas Eliminadas). La fidelidad de escisión es esencial para la mitad de los genes del paramecio que contienen al menos una IES. La escisión de una fracción de ellos depende de pequeños ARN maternos unidos a proteínas Piwi (llamados scnARN) que se producen a partir de todo el genoma de la línea germinal durante la meiosis. Este mecanismo plantea un problema en la conjugación entre dos cepas con polimorfismos insercionales: una célula será teóricamente incapaz de extirpar un SEI portado por el alelo paterno recibido si este SEI está ausente en el alelo materno o si la secuencia es demasiado divergente. Esta tesis demuestra que los polimorfismos no generan defectos de escisión materna. Sin embargo, un mecanismo desconocido parece causar problemas de escisión para los SEI hemicigóticos y puede contribuir al aislamiento reproductivo.
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