La mayoría de las enfermedades de las plantas están causadas por organismos bióticos, es decir, vivos. Muchos organismos diferentes, incluidos hongos, bacterias, fitoplasmas, virus y viroides, nematodos y plantas superiores parásitas, son responsables de la mayoría de las enfermedades de las plantas. Los trastornos inducidos por causas abióticas no son contagiosos por naturaleza. Existe un número casi infinito de factores que pueden provocar un trastorno; sin embargo, la mayoría de los trastornos son provocados por un puñado de factores, entre los que se incluyen las temperaturas extremas, la humedad, la luz, los niveles de nutrientes, los suelos pobres (acidez o alcalinidad, salinidad, textura), la toxicidad de los pesticidas, la contaminación atmosférica, los vientos fuertes, el granizo y las prácticas culturales inadecuadas. Las plantas son especialmente susceptibles a los daños causados por las agresiones de los insectos y la competencia que suponen las plantas que no son deseables (malas hierbas). Sin embargo, los daños a las plantas causados por insectos, personas u otros animales no suelen formar parte del objeto de las investigaciones fitopatológicas.
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