Los microorganismos desempeñan un papel importante a la hora de afectar a las semillas, de los cuales los hongos constituyen el grupo más numeroso. Estos patógenos son desastrosos, ya que reducen la calidad de las semillas, la germinación y el vigor de las plántulas, lo que reduce la población óptima de plantas en el campo. El estudio realizado en la región de Konkan reveló que la variedad de arroz Ratnagiri-2 presentaba la máxima decoloración de las semillas (18%), mientras que la mínima decoloración de las semillas (3%) se registró en Ratnagiri-24, Karjat-4 y Sahyadri-3. En la prueba del papel secante, la asociación de los hongos transmitidos por las semillas y la germinación de diferentes variedades de arroz reveló que Karjat-4 y Panvel-3 registraron una asociación del 20% y el 35,50%, respectivamente. En cuanto a la germinación, la variedad Karjat-4 registró una germinación del 98,50%, mientras que la variedad Panvel-3 registró una germinación de las semillas del 60%, con una pérdida máxima de germinación de las semillas del 40%. En el método de placa de agar, Ratnagiri-1 y Ratnagiri-73 mostraron la máxima aparición de hongos transmitidos por semillas (25%) y (27%) respectivamente. Nueve especies de hongos, a saber, Fusarium moniliforme, Fusarium semitectum, Fusarium fusarioides, Curvularia lunata, Curvularia pallescens, Aspergillus niger, Trichoderma harzianum, Rhizopous stolonifer.
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