Como todos os ciliados, P. tetraurelia rearranja o seu genoma em cada geração sexual durante o desenvolvimento do seu macronúcleo somático a partir do micronúcleo germinal. Os rearranjos incluem a excisão precisa de sequências curtas derivadas de transposições chamadas IES (Internal Eliminated Sequences). A fidelidade da excisão é essencial para metade dos genes do paramécio que contêm pelo menos um IES. A excisão de uma fracção deles depende de pequenos RNAs maternos ligados a proteínas de Piwi (chamados scnRNAs) que são produzidos a partir de todo o genoma da linha germinal durante a meiose. Este mecanismo coloca um problema de conjugação entre duas estirpes com polimorfismos de inserção: uma célula será teoricamente incapaz de excisar um SEI transportado pelo alelo paterno recebido se este SEI estiver ausente do alelo paterno ou se a sequência for demasiado divergente. Esta tese mostra que os polimorfismos não geram defeitos de excisão materna. Contudo, um mecanismo desconhecido parece causar problemas de excisão para SEIs hemizigotos e pode contribuir para o isolamento reprodutivo.