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Recentemente, a metagenómica surgiu como uma alternativa aos métodos convencionais de rastreio microbiológico, uma vez que permite estudar exaustivamente as comunidades microbianas no seu ambiente natural. Esta técnica foi aqui utilizada para avaliar a extensão e a diversidade dos mecanismos de resistência nas comunidades microbianas associadas à rizosfera de Erica andevalensis, uma urze extremófila endémica do rio Tinto, em Espanha. Para o efeito, construímos uma biblioteca metagenómica utilizando o plasmídeo pBluescript SKII+ como vector de clonagem, aceitando inserções de tamanho compreendido entre 2500 pb e 8000 pb (par de bases). A nossa biblioteca continha 60.000 clones, aos quais submetemos quatro antibióticos: ácido nalidíxico, tetraciclina, estreptomicina e canamicina. Contra estes, isolámos um clone resistente com um MIC = 10¿g/ml. A sequenciação do inserto e a subsequente análise bioinformática revelaram que se trata de uma fosfotransferase de aminoglicosídeos APH III que actua por fosforização e desactivação do antibiótico.