O período de transição do meio aquático para o terrestre, envolveu o desenvolvimento de um maior grau de atividade, e as regiões do encéfalo dos répteis, mais afetadas com estas mudanças, foram o telencéfalo, o tálamo, o teto mesencefálico e o cerebelo. O propósito foi identificar e mapear morfologicamente, interna e externamente, as regiões do encéfalo em diferentes espécies de repteis e de embriões de Podocnemis expansa. Foram utilizadas espécies juvenis de répteis (P. expansa, Podocnemis unifilis, Phrynops geoffroanus, Melanosuchus niger, Bothrops jararaca e Salvator merianae) e ovos de P. expansa incubados artificialmente até o estágio 25, posteriormente, executou a eutanásia e a retirada do encéfalo. Para análise macroscópica, os encéfalos foram fixados em formaldeído, e para a microscópica dos embriões, foram feitos criocortes semiseriados e corados com eosina e contracorados com Nissl. Concluiu-se que em B. jararaca existe a presença de quarto ventrículo e plexo corióide internos ao encéfalo, cerebelo rudimentar, e ausência do nervo acessório (XI), e os embriões apresentam de uma proeminente crista ventricular dorsal, e núcleos do tegmento na região ventral do bulbo.