Este trabalho envolve uma investigação básica e aplicada sobre os dois núcleos do tiofeno e do pirrol, com o objetivo de prever a reatividade química e a atividade biológica e de estabelecer um modelo farmacofórico para novas moléculas bioactivas.Os métodos de Química Computacional utilizados no nosso trabalho são: métodos quânticos, métodos empíricos. Estes métodos foram utilizados para determinar os parâmetros estruturais, electrónicos e energéticos associados às moléculas estudadas. Este estudo mostra resultados semelhantes entre estes vários métodos de cálculo. A natureza do substituinte (dador, aceitador) afecta os parâmetros electrónicos e energéticos dos tiofenos e dos pirróis. Foi efectuado um estudo da estrutura-propriedades/atividade para duas séries de derivados bioactivos de tiofeno e pirrol. A natureza dos grupos no anel heterocíclico das moléculas estudadas afecta as suas propriedades físico-químicas e, consequentemente, as suas propriedades farmacológicas.