O crocodilo desempenha um papel fundamental na manutenção do sistema ecológico em todo o mundo. Não só são úteis no controlo da população de roedores, como também ajudam os seres humanos, impedindo a propagação de doenças. Apoiam igualmente a prevenção da oncocercose (cegueira dos rios). Os juvenis de crocodilos comem os caracóis em que os parasitas são responsáveis por gastar a parte do seu ciclo de vida. Os crocodilos são componentes importantes da teia alimentar de um ecossistema. A erradicação de qualquer espécie do seu ecossistema modifica extremamente a estrutura populacional de outras criaturas. Os crocodilos como predadores de topo são conhecidos como espécies elementares; embora além disso contribuam para a cadeia alimentar como presas ao mesmo tempo que são ainda jovens. As espécies de crocodilos também podem ter um papel antropogénico útil no ambiente. Em algumas áreas, os crocodilos são úteis para controlar o número de pragas agrícolas graves através do consumo de roedores e insectos nocivos. Os crocodilos estão a ser cultivados em cativeiro em todo o mundo hoje em dia para fins comerciais. A conservação dos crocodilos de pântanos no Paquistão através do uso sustentável é vista como a estratégia que poderia salvar a longo prazo a única espécie de ordem crocodylia existente.