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Afin d'étudier la qualité des eaux de la lagune Sud de Tunis, en rapport avec l'importance de l'activité anthropique dans ce secteur, une étude géochimique des éléments nutritifs, des paramètres physico-chimiques et des paramètres d'évaluation de la pollution organique, a été effectuée. L'analyse des composés inorganiques dissous de l'azote et du phosphore montre que le cycle naturel d'azote est fortement perturbé, et ceci est probablement dû aux apports en eaux usées et à la forte charge en phytoplancton. Les valeurs de la DBO et la DCO sont très élevées dans la lagune Sud de Tunis. Le rapport DCO/DBO montre que la matière organique présente dans la lagune est moyennement biodégradable indiquant une double origine (interne et externe). Les résultats obtenus suggèrent un dépassement de la capacité d'autoépuration de la lagune. Ce qui a pour effet de provoquer une baisse importante des teneurs en oxygène dissous.