Ce travail porte sur l analyse physico chimique et phytochimique, avec une étude de l activité antimicrobienne des huiles essentielles de deux plantes aromatiques et médicinales de la flore de sud-ouest Algérien ; ces huiles essentielles se sont obtenues par hydro distillation des parties aériennes de Cotula cinerea et Matricaria pubscens, La teneur en huile essentielle des plantes étudiées est de 2% pour Cotula cinerea, et 1,2% pour Matricaria pubscens. Des activités antibactériennes et antifongique ont été révélées vis-à-vis 7 souches à Gram+ et à Gram-, et de 4 souches de moisissures, en employant la méthode des disques et de contact direct ; Les concentrations minimales inhibitrices des huiles essentielles, ont été déterminées par la méthode de dilution dans l agar.D une manière générale Les huiles faisant l objet de cette contribution ont montré une activité presque similaire contre les bactéries et les moisissures testées.