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El seguimiento de los microorganismos bacterianos y fúngicos asociados a Saccharum officinarum (caña de azúcar) en el jardín etnobotánico de la Universidad de Wesley, Ondo, se llevó a cabo mediante diferentes procesos microbianos. Estos implican la recogida de muestras de plantas de caña de azúcar para aislar las enfermedades bacterianas y fúngicas asociadas a la caña de azúcar y el desarrollo del inventario de enfermedades asociadas a la caña de azúcar. Las muestras del suelo, del tallo, de la raíz y de la hoja se cultivaron en agar nutriente, agar papa dextrosa y agar recuento en placa, respectivamente, y los aislados obtenidos se identificaron mediante características culturales, morfológicas y bioquímicas. Las bacterias aisladas de las muestras recogidas fueron Aeromonas sp., Bacillus sp., Corynebacerium sp., Pseudomonas sp., Micrococcus sp., Serratia sp., Staphylococcus sp., Enterococcus sp., mientras que los hongos aislados fueron Penicillium sp, Aspergillus sp., Mucor sp., Rhizopus sp., Saccharomyces sp. Durante el período de este trabajo de investigación, las muestras de hojas y tallos enfermos fueron comunes durante todo el período de estudio y alcanzaron su punto máximo durante la temporada de lluvias.