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Este estudo qualitativo explora os factores que estão relacionados com o fraco desempenho em ciências naturais dos alunos da fase sénior e propõe medidas correctivas para melhorar esse desempenho. O objetivo desta investigação é aprofundar e alargar a compreensão da literacia científica, dos conceitos científicos, do trabalho prático, dos organizadores gráficos e das representações visuais incorporados na sala de aula como estratégias de ensino para aumentar a motivação dos alunos e a sua aprendizagem dos conceitos científicos. Foi utilizado um método de estudo de caso no local da investigação (escola). As dificuldades que os educadores de ciências naturais enfrentam no ensino de conceitos científicos, na literacia científica, na linguagem científica e no cumprimento dos requisitos das Declarações de Políticas de Avaliação Curricular foram identificadas através da análise de documentos, de entrevistas a grupos de discussão e do preenchimento de um questionário. Os resultados indicaram vários factores que podem causar dificuldades, incluindo estratégias de ensino inadequadas, salas de aula sobrelotadas e incumprimento das Declarações sobre a Política de Avaliação Curricular. São indicadas recomendações e sugestões para investigação futura destinada a abordar os factores identificados.