L'organisation interne de la cellule bactérienne a pendant longtemps été considérée, par défaut, comme quasi-inexistante. Cependant, des observations cytologiques récentes suggèrent qu'au moins une partie des fonctions vitales de la cellule bactérienne sont réalisées au niveau de sites cellulaires particuliers. On parle alors de "machines moléculaires" pour décrire les assemblages multi-protéiques qui agissent dans la cellule. L'organisation de ces "machines" au sein de la cellule vivante reste encore mal connue. Mes travaux de thèse, présentés ici, ont pour but de mieux comprendre leur assemblage et composition. Pour cela, j'ai développé une méthode permettant l'étude à grande échelle de la localisation de protéines chez la bactérie. Une centaine de protéines cibles furent choisies suite à l'étude de la machine de réplication de l'ADN et de division chez la bactérie modèle Bacillus subtilis. Par combinaison avec les données d'interactions protéiques, cette approche a permis l'identification de nouveaux composants de machines moléculaires vers une meilleure compréhension de l'organisation interne de la cellule bactérienne.