Les différentes pressions anthropiques exercées à la surface du bassin versant du lac de Taabo ont conduit à des phénomènes tels que l'eutrophisation du lac de Taabo et la sédimentation du lac de Kossou. Vue la résurgence de ces phénomènes malgré les diverses actions curatives, deux outils préventifs de gestion durable du territoire ont été expérimenté sur le bassin. La première approche basée sur l'établissement de périmètres de protection autour des grands lacs du bassin a nécessité la prise en compte de quatre paramètres qui sont la topographie, l'occupation du sol, la pédologie et le ruissellement. La carte des zones vulnérables à la pollution issue de leur croisement dans un SIG a été inspirée de la méthode DRASTIC. La validation de cette carte par les analyses physico-chimiques des eaux souterraines et surfaciques a permis de délimiter trois périmètres de protection. La seconde approche basé sur la modélisation agro-hydrologique avec le modèle SWAT, a consisté à mettre implanter une bande végétative filtrante de ratio 50 dans les berges des grands lacs.