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Les eaux souterraines dans le Bassin du Saïss constituent une ressource d'importance économique et sociale pour la région. Elles sont, aussi, le réservoir d'une diversité biologique originale. Dans ce contexte, l'objectif de cette étude est de contribuer à une connaissance plus large de la faune aquatique souterraine au Maroc et d'évaluer l'effet de la pression anthropique sur la qualité des eaux souterraines et sur la faune aquatique; augmentant de fait la vulnérabilité des organismes stygobies vivants dans ces écosystèmes aquatiques souterrains. L'étude biotypologique a montré que la richesse faunistique globale des stations diminue et que c'est la faune stygobie qui est la plus sensible à la pollution, qui diminue en premier et disparaît complètement en cas d'une pollution majeure. Ces résultats représentent une contribution importante à la biodiversité régionale et peuvent influencer principalement par des facteurs locaux, en particulier les niveaux de protection de ces écosystèmes souterrains.