El agua es un elemento necesario para la vida, en la actualidad la contaminación es un problema grave por lo cual se hace necesario determinar su calidad microbiológica. Se determino la presencia de Aeromonas spp. resistentes a antibióticos en la ciudad del Cusco. Los fenotipos son Aeromonas spp, por el Sistema Phene-Plate (Ph-AE), un screening rápido en microplacas y finalmente se determino su resistencia a determinados antibióticos mediante la técnica de dilución en agar De las 114 muestras de agua; 30 muestras fueron positivas para Aeromonas spp. (26.32%), que corresponden a las zonas de Saylla, Sunkhu, Santa Rosa, Independencia, Margen derecha, Chocco, Cuychiro y los Incas. Habiendo mayor incidencia en la zona de margen derecha con un porcentaje del 20% del total de Aeromonas spp. encontradas. Las especies identificadas: A. hydrophila (73.%), A. veronii (13.5%) y A. caviae (13.5%). Los antibióticos utilizados fueron: Ampicilina, Kanamicina, Tetraciclina, Eritromicina, Cloranfenicol, Nitrofurantoina y Acido Nalidixico; siendo el 55% de A. hydrophila resistente a la ampicilina, el 100% de las cepas A. veronii es sensible a todos los antibióticos y el 100 % de las cepas.