Se aislaron 17 cepas bacterianas del suelo de la rizosfera y de las raíces de la caña de azúcar esterilizadas en la superficie y se descubrió que representaban 12 especies distribuidas en los 6 géneros Klebsiella, Burkholderia, Erwinia, Enterobacter, Bacillus y Ralstonia, sobre la base de secuencias de ADNr 16S. Se observaron varias pautas de oxidación de la utilización del sustrato en los mutantes de Rifr de P. stutzeri que la utilización de los ácidos carboxílicos y los aminoácidos aumentó significativamente en varios mutantes de Rifr que en el de tipo silvestre. Para investigar el mecanismo de interacción planta-microbio, se seleccionó un conjunto de 20 genes responsables de la motilidad quimiotáctica y de la colonización de la superficie de las raíces y se determinó su expresión en presencia de exudados de raíces de arroz. Tras una inducción de 1h, se descubrió que la transcripción de pilK, metE y rpoN aumentó 5,7, 6,4 y 3,4 veces, respectivamente, mientras que en el gen fdhE no tiene expresión. En consecuencia, tras inducciones de 4h, los genes pilK, fdhE, metE y rpoN disminuyeron -1,9, -4,4, -0,2 y -0,8 veces, respectivamente. Estos resultados sugieren que la interacción planta-microorganismo está controlada por complejos sistemas reguladores.
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