Il trattamento funzionale in generale è il principio che un "nuovo modello di funzione", dettato dall'apparecchio, porta allo sviluppo di un corrispondente "nuovo modello morfologico". Il "nuovo modello di funzione" può riferirsi a diversi componenti funzionali del sistema orofacciale - per esempio, la lingua, le labbra, i muscoli facciali e masticatori, i legamenti e il periostio. A seconda del tipo di apparecchio, chi lo propone pone maggiore enfasi su una di queste diverse componenti funzionali. Il "nuovo modello morfologico" include una diversa disposizione dei denti all'interno delle mascelle, un miglioramento dell'occlusione e una relazione alterata delle mascelle. Include anche cambiamenti nella quantità e nella direzione della crescita delle mascelle, e differenze nelle dimensioni e nelle proporzioni del viso. Mentre la meccanoterapia ortodontica fissa si basa principalmente sull'erogazione di forze, una parte importante della terapia con apparecchi funzionali fa uso anche di sistemi di rimozione della forza.