En la actualidad, la química médica ha experimentado un cambio revolucionario. Los rápidos avances de las ciencias biológicas han permitido comprender mucho mejor el funcionamiento del organismo a nivel celular y molecular, pero no se puede ignorar la capacidad de los productos naturales para producir moléculas líderes. La química médica abarca tres etapas fundamentales: en primer lugar, una etapa de descubrimiento, consistente en la elección de la diana terapéutica (receptor, enzima, grupo de transporte, modelo celular o in vivo) y la identificación (o descubrimiento) y producción de nuevas sustancias activas que interactúen con la diana seleccionada. Tales compuestos suelen denominarse compuestos principales; pueden proceder de la química orgánica sintética, de fuentes naturales o de procesos biotecnológicos. En segundo lugar, una etapa de optimización, que se ocupa de la mejora de la estructura del lead. El proceso de optimización tiene en cuenta principalmente el aumento de la potencia, la selectividad y la toxicidad. Por último, una etapa de desarrollo, cuyo propósito es la continuación de la mejora de las propiedades farmacocinéticas y el ajuste fino de las propiedades farmacéuticas de las sustancias activas con el fin de hacerlas aptas para el uso clínico.
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