Dezassete estirpes bacterianas foram isoladas do solo da rizosfera e de raízes de cana-de-açúcar esterilizadas à superfície e foram encontradas a representar 12 espécies distribuídas nos 6 géneros Klebsiella, Burkholderia, Erwinia, Enterobacter, Bacillus, e Ralstonia com base em 16 sequências de rDNA rDNA. Nos mutantes de Rifr de P. stutzeri observou-se uma série de oxidação dos padrões de utilização do substrato que a utilização de ácidos carboxílicos e aminoácidos aumentou significativamente em vários mutantes de Rifr do que a do tipo selvagem. Para investigar o mecanismo de interacção planta-micróbica, foi seleccionado um conjunto de 20 genes responsáveis pela motilidade quimiotáxica e colonização da superfície radicular e a sua expressão foi determinada na presença de exsudados radiculares de arroz. Após indução de 1h, verificou-se que a transcrição de pilK, metE e rpoN aumentou 5,7, 6,4, e 3,4 vezes, respectivamente, enquanto que no gene fdhE não tem expressão. Consequentemente, após induções de 4h, os genes pilK, fdhE, metE, e rpoN diminuíram -1,9, -4,4, -0,2 e -0,8 vezes, respectivamente. Estes resultados sugerem que a interacção planta-micróbica é controlada por sistemas reguladores complexos.
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