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Dix-sept souches bactériennes ont été isolées du sol de la rhizosphère et des racines de canne à sucre stérilisées en surface. Elles représentent 12 espèces réparties dans les 6 genres Klebsiella, Burkholderia, Erwinia, Enterobacter, Bacillus et Ralstonia sur la base des séquences d'ADNr 16S. Un certain nombre de schémas d'oxydation de l'utilisation du substrat ont été observés chez les mutants Rifr de P. stutzeri ; cette utilisation des acides carboxyliques et des acides aminés a augmenté de manière significative chez plusieurs mutants Rifr par rapport à celle du type sauvage. Pour étudier le mécanisme d'interaction plante-microbe, un ensemble de 20 gènes responsables de la motilité chimiotactique et de la colonisation de la surface des racines a été sélectionné et leur expression a été déterminée en présence d'exsudats de racines de riz. Après une heure d'induction, il a été constaté que la transcription de pilK, metE et rpoN augmentait respectivement de 5,7, 6,4 et 3,4 fois, alors que dans le gène fdhE, il n'y a pas d'expression. Par conséquent, après 4 heures d'induction, les gènes pilK, fdhE, metE et rpoN ont été respectivement divisés par -1,9, -4,4, -0,2 et -0,8. Ces résultats suggèrent que l'interaction plante-microbe est contrôlée par des systèmes de régulation complexes.