Clausewitz Spezial erzählt die ganze Geschichte der großen Massen-Flucht von 1945. Das Magazin präsentiert hierbei nicht nur nackte Zahlen und Daten, sondern lässt auch Betroffene zu Wort kommen, bevor die Erinnerung an das große Drama, das bald 80 Jahre zurückliegen wird, vollständig verlischt. Darüber hinaus berichtet Clausewitz über den verzweifelten Abwehrkampf der Wehrmacht und den Versuch der Marine, möglichst viele Zivilisten zu retten.